Domkirkens hovedorgel på vestpulpituret er bygget af det danske orgelbyggerfirma
Th. Frobenius & Co. i 1928. Det har 89 registre og er dermed
Danmarks største orgel. Instrumentets fornemme barokfacade er fra 1730.
På det tidspunkt byggede den tids ubetinget fremmeste orgelbygger i
Danmark, Lambert
Daniel Kastens (d.
1744), et orgel til kirken. Siden er
orglet blevet ombygget og udvidet adskillige gange. I 1870-erne byggede
J. A. Demant et nyt orgel bag Kastens-facaden - en del
pibemateriale fra det gamle orgel blev genanvendt. Frobenius har
ligeledes i det nuværende orgel bag den gamle facade ladet
piber fra de tidligere
instrumenter stå - altså klinger den dag idag piber fra 4 århundreder i
orglet.| Hovedværk (I) Principal 16' Gedakt 16' Principal 8' Spidsfløjte 8' Gedakt 8' Viola da Gamba 8' Oktav 4' Spidsfløjte 4' Quint 2 2/3' Superoktav 2' Terts 1 3/5' Mixtur VI Cymbel IV Trompet 16' Trompet 8' Clairon 4' | Positiv (II) Gedackt 16' Principal 8' Rørfløjte 8' Quintatøn 8' Octav 4' Gedaktfløjte 4' Octav 2' Blokfløjte 2' Larigot 1 1/3' Octav 1' Sesquialtera II Scharf IV Dulcian 16' Trompet 8' Krumhorn 8' Skalmej 4' | Svelleværk (III) Bordun 16' Principal 8' Rørgedackt 8' Flûte harmonique 8' Salicional 8' Vox celeste 8' Violinprincipal 4' Tværfløjte 4' Fugara 4' Octavfløjte 2' Cornet II Mixtur V Fagot 16' Trompette harmonique 8' Obo 8' Clairon 4' Svelle |
| Ekkoværk (IV) Hulfløjte 8' Spidsgamba 8' Unda maris 8' Principal 4' Fløjte 4' Nasat 2 2/3' Nathorn 2' Spidsfløjte 2' Terz 1 3/5' Sivfløjte 1' Mixtur IV Cor anglais 8' Vox humana 8' Tremulant Svelle | Kronpositiv (IV) Tectus 8' Rørfløjte 4' Principal 2' Spidsquint 1 1/3' Skalmeje 8' | Pedal Bordunbas 32' Principal 16' Subbas 16' Gedaktbas 16' Violone 16' Rørquint 10 2/3' Octav 8' Gedakt 8' Violoncello 8' Octav 4' Træfløjte 4' Quintatøn 4' Hulfløjte 2' Flautino 1' Septima III Mixtur IV-VI Contrabombarde 32' Bombarde 16' Basun 16' Fagot 16' Basun 8' Serpent 8' Trompet 4' Regal 2' |

| Hovedværk Principal 8' Hulfløjte 8' Oktav 4' Blokfløjte 4' Oktav 2' Sesquialtera II Mixtur IV-V Trompet 8' | Brystværk Gedakt 8' Quintatøn 8' Principal 4' Rørfløjte 4' Waldfløjte 2' Nasat 1 1/3' Scharf II-III Skalmeje 8' | Pedal Subbas 16' Oktav 8' Gedakt 8' Italiensk principal 4' Nathorn 2' Fagot 16' Trompet 8' (trans.) |